본 발명은 다중 의료영상 융합을 이용한 심근변화 측정 시스템 및 그 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 심근변화 측정 시스템을 이용한 심근변화 측정 방법에 있어서, 측정 대상자의 제1 심근 영상과 제2 심근 영상을 정합하여 정합 영상을 생성하는 단계, 상기 제1 심근 영상으로부터 관심영역을 추출하는 단계, 상기 정합 영상에 상기 관심영역을 오버레이하고, 상기 관심영역이 오버레이된 영역과 동일한 위치에 상기 제2 심근 영상에 복사하여 오버레이하는 단계, 제3 심근 영상에 상기 제2 심근 영상에 오버레이된 관심영역을 표시하는 단계, 제3 심근 영상을 이용하여 상기 측정 대상자의 심근 변화의 파라미터를 추출하는 단계, 그리고 상기 파라미터를 이용하여 측정 대상자의 심근 기능 저하 여부를 판단하는 단계를 포함한다. 이와 같이 본 발명에 따르면, PET 영상에서 심근 영역을 설정함으로써, 정확하게 심근 영역의 대사 활성도 변화를 측정할 수 있다. 또한, 심근 영역의 파라미터 값을 이용하여 현재 심근의 기능 저하를 판단할 수 있다.