본 발명의 실시예를 따르는 유익세균을 이용한 순환여과양식시스템(100)은 양식생물, 사육수 및 상기 양식생물의 배출물이 포함된 오염물을 분해시키는 유익세균이 공급된 제 1 사육수조(111); 상기 제 1 사육수조(111)로부터 상기 유익세균에 의해 오염물이 분해된 사육수를 받아 상기 사육수에 산소를 공급하는 폭기조(120); 상기 폭기조(120)로부터 상기 폭기조(120)에 의해 산소가 공급된 사육수를 받아 상기 사육수 내의 유기물과 이산화탄소가 포함된 제 1 오염물을 제거하는 스키머(130); 상기 스키머(130)로부터 상기 스키머(130)에 의해 제 1 오염물이 제거된 사육수를 받아 상기 사육수 내의 질소 화합물이 포함된 제 2 오염물을 제거하는 여과조(140); 및 상기 여과조(140)로부터 상기 여과조(140)에 의해 제 2 오염물이 제거된 사육수를 받아 상기 제 1 사육수조(111)에 공급하는 제 1 순환부재;를 포함한다.