본 발명은 일회용 키를 이용한 키보드 보안 시스템 및 방법에 관한 것으로서, 오프라인으로 시드값을 공유하는 키보드 보안 모듈 및 키보드 보안 서버를 포함하고, 상기 키보드 보안 모듈은: 키보드에 있는 복수의 키 스위치의 On/Off를 감지하고 신호 라인을 통하여 감지된 상기 키에 대한 키보드 스캔코드를 수신하는 키보드 스캔코드 처리부, 상기 시드값을 기준으로 시간 동기화를 통해 일회용 키를 생성하는 일회용 키 생성부 및 수신된 상기 키보드 스캔코드를 생성한 일회용 키를 이용하여 암호화하여 암호문을 생성하고, 이를 상기 키보드 보안 서버로 전송하는 키보드 스캔코드 암호화부로 구성되고, 상기 키보드 보안 서버는: 상기 시드값을 기준으로 시간 동기화를 통해 일회용 키를 생성하는 일회용 키 생성부 및 상기 키보드 스캔코드 암호화부로부터 수신된 상기 암호문을 생성한 일회용 키를 이용하여 복호화하여 상기 키보드 스캔코드를 추출하는 키보드 스캔코드 복호화부로 구성됨으로써, 호스트와 키보드 간 강력한 보안 채널을 구성할 수 있다.