본 발명은 붉은 곰팡이병 발병 진단용 마커 조성물과 이를 포함하는 키트에 대한 것으로, 푸자리움 그라미네아룸 종 복합체 소속 붉은곰팡이균인 푸자리움 그래미니아룸, 푸자리움 아시아티쿰, 푸자리움 푸자리움 부시아이에 의한 벼 이삭마름병 (Fusarium Head Blight)발생 시 발병단계에서 해당 병원균의 감염과 병 진전 여부를 판단할 수 있는 최적의 검정 유전자의 올리고뉴클레오티드를 함유하는 마커 조성물 및 키트를 제공한다. 다양한 조건 아래에서 실시간 정량적 PCR에 사용되는 정규화된 검정 유전자에 상보적인 올리고뉴클레오티드를 확인하여, 이를 포함하여 상기 균에 의한 발병을 효과적으로 검출하기 위한 키트에 관한 것이다. 본 발명은 감염 식물체(벼)의 total RNA 시료로부터 정량적 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응 (qRT-PCR)을 이용하여 벼 이삭마름병 원인 곰팡이인 푸자리움 그래미니아룸, 푸자리움 아시아티쿰, 푸자리움 부시아이 곰팡이를 효과적으로 검출할 수 있을 뿐만 아니라, qRT-PCR을 적용할 수 있는 병 발생단계 특이 유전자를 밝히고 이에 상보적인 프라이머를 이용하여 보다 빠르게 병원성 붉은곰팡이에 의한 기주식물의 감염여부와 병 진전 가능성을 검정할 수 있다.