본 발명은 삼나무(Cryptomeriajaponica) 추출물을 유효성분으로 함유하는 혈전증(thrombosis)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물 및 건강 기능 식품에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는, 삼나무 심재 및/또는 줄기의 열수 또는 에탄올 추출물, 특히, 상기 추출물로부터 순차적 유기 용매 분획 후 수득되는 유기용매 분획물, 물 잔류물 및 이의 혼합물을 유효성분으로 함유하는 혈전증의 예방 또는 치료/개선용 약학적 조성물 및 건강 기능 식품에 관한 것이다. 본 발명의 혈전증의 예방 또는 치료/개선용 약학적 조성물 및 건강 기능 식품의 유효성분으로서의 삼나무 추출물은, 본 명세서의 실시예를 통해 증명된 바와 같이, 혈전 생성에 중추적인 역할을 수행하는 인간 트롬빈 및 혈액 응고인자 저해효과에 의한 강력한 항혈전 활성을 나타내며, 혈행 개선을 통해 허혈성 뇌졸중 및 출혈성 뇌졸중과 같은 혈전증의 예방 및 치료용으로 사용할 수 있는 뛰어난 효과가 있다. 특히, 본 발명의 삼나무 추출물은 급성 경구 독성이 나타나지 않으며, 열 안정성이 우수하고, pH 2의 산성 조건 및 혈장 내에서도 혈액 응고 인자 저해 효과 및 혈전 생성 관련 효소(트롬빈) 저해 효과의 손실이 나타나지 않아, 추출액, 분말, 환, 정 등의 다양한 형태로 가공되어 상시 복용이 가능한 형태로 조제할 수 있는 뛰어난 효과가 있으므로 제약 산업 및 식품 산업상 매우 유용한 발명인 것이다.