본 발명은 푸자리움 그라미네아룸 종복합체 소속 병원균인 푸자리움 그래미니아룸, 푸자리움 아시아티쿰, 푸자리움 부시아이에 의한 벼와 맥류의 붉은곰팡이 이삭마름병 (Fusarium Head Blight) 발생 시 초기 발병단계에서 해당 병원균의 감염과 병 진전 여부를 판단할 수 최적의 검정 유전자의 올리고뉴클레오티드 마커 조성물 및 키트에 관한 것이다. 이는 다양한 생육조건으로부터 추출한 RNA 시료로부터 qRT-PCR에 사용되는 정규화된 검정 유전자에 상보적인 올리고뉴클레오티드를 함유하는 마커 조성물 및 이를 포함하는 상기 균을 효과적으로 검출하기 위한 키트에 관한 것이다. 본 발명은 기주 곡물의 감염 식물체의 RNA 시료로부터 정량적 역전사 중합효소 연쇄반응을 이용하여 곡물의 붉은곰팡이 이삭마름병 원인 곰팡이인 푸자리움 그래미니아룸, 푸자리움 아시아티쿰, 푸자리움 부시아이를 효과적으로 검출할 수 있을 뿐 아니라, qRT-PCR에 적용할 수 있는 병 발생 단계 특이 유전자를 밝히고 이에 상보적인 프라이머를 이용하여, 보다 빠르게 병원성 곰팡이에 의한 기주식물의 감염여부와 병진전 가능성을 검정할 수 있다.