본 발명은 사상성 자낭균류에서 생체내 단백질 상호작용 분석용 벡터 및 이를 이용한 스플릿 루시퍼라아제 상보성 분석방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 사상성 자낭균류에서 in vivo내에서의 단백질 상호작용 여부를 분석하기 위해, 관심 대상의 단백질 발현 유전자를 상기 벡터에 삽입 후, 스플릿 루시퍼라아제 분석을 통해 생체내에서의 단백질간 상호작용 여부를 분석하기 위한 분석방법 및 이에 사용되는 신규한 벡터에 관한 것이다. 본 발명의 사상성 자낭균의 단백질 상호작용 분석용 벡터는 반딧불 루시퍼라아제의 N-말단 또는 C-말단을 인코딩하는 유전자; 크리파린 유전자(Crp)의 프로모터; EcoRI 및 SacI 제한효소 사이트; 제네티신(geneticin) 또는 하이그로마이신 B(hygromycin B) 저항성 유전자 카세트; 및 HindIII 제한효소 사이트를 포함하는 것을 특징으로 한다(도 1 참조). 또한, 본 발명의 바람직한 실시예에 따른 사상성 자낭균에서 단백질간의 상호작용을 분석하는 방법은 제1항의 벡터에 분석대상 단백질을 코딩하는 유전자를 삽입하여 스플릿 루시퍼라아제 분석을 통해 발현되는 루시퍼라아제 형광강도를 측정함으로써, 사상성 자낭균에서 단백질간의 상호작용을 분석하는 방법임을 특징으로 한다.